استخدام المعلوماتية الحيوية في البحث عن المخدرات الأهداف

من يبحث عن جينات في الكائنات الحية التي تشبه نموذج معين لجينات الانسان العاقل ، يمكن للباحثين الاطلاع على البروتين واللوطي بترميز الجينات العاقل والبحث عن المخدرات لمنع ذلك. أل MLHI الجينات ، والذي يرتبط مع سرطان القولون في sapienss اللوطي ، ويستخدم في هذا المثال.

كل ذلك يضيف إلى أيام جيدة قبل لالمعلوماتية الحيوية ، والذي يحمل العديد من تأكيد الوعد الحقيقي للعلم الجينوم. "جينوم دون المعلوماتية الحيوية لن يكون لها الكثير من المردود ،" الدول رولاند سوموغيي ، المدير السابق للبيولوجيا الأعصاب في Incyte جينوم الذي هو الآن في الجزيئية في التعدين كينجستون، أونتاريو.

N. مايكل ليبمان ، رئيس علم الأحياء الحسابي في شركة روش في العلوم البيولوجية بالو ألتووتوافق. "جينوم ليس تحولا ، بل لفهم كيفية استخدامها وهذا هو النقلة النوعية" ، فهو يؤكد. "في المعلوماتية الحيوية ، ونحن في بداية الثورة."

الثورة ينطوي على الكثير من اللاعبين المختلفين ، مع كل استراتيجية مختلفة. بعض الشركات المعلوماتية الحيوية لتلبية احتياجات العدد الكبير من المستخدمين ، وتهدف منتجاتها وخدماتها في مجال الجينوميات والتكنولوجيا الحيوية وشركات الأدوية عن طريق خلق العرف البرمجيات وتقديم الخدمات الاستشارية. أسد العلوم الحيوية ، ومقرها في هايدلبرغ، ألمانيا، لاقت نجاحا خاصا في بيع "على صعيد المؤسسة" أدوات المعلوماتية الحيوية والخدمات. من 100 مليون دولار اتفاق مع باير لبناء وإدارة القدرة المعلوماتية الحيوية في كل من باير لشعب كان في ذلك الوقت على صناعة أكبر صفقة من هذا القبيل.

وقالت شركات اخرى صغيرة أو هدف الأكاديمية المستخدمين. شبكة الاعمال مثل اوكلاند وكاليفورنيا ومقرها نقرا تويست وeBioinformatics ، التي يوجد مقرها في بليسانتون، كاليفورنيا.، تقترح وقفة واحدة للتسوق الإنترنت ، وهذه البوابات على خط تسمح للمستخدمين الوصول إلى أنواع مختلفة من قواعد البيانات والبرمجيات تستخدم لمعالجة البيانات.

في أيار / مايو 2000 ، أعلن العلماء DoubleTwist كانوا قد استخدموا التكنولوجيا لتحديد أن عدد الجينات في الجينوم هومو العاقل هو تقريبا 105،000 ، رغم انهم قالوا ان الفرز النهائي سيأتي على الارجح في الساعة 100،000. بالنسبة لأولئك الذين يفضلون أن يكون لديك برنامج وراء اطلاق النار الخاصة بالأمن الجدران ، في Informax روكفيلوأكسفورد الجزيئية في المجموعة انكلترا، وغيرهم من بيع رزم من المنتجات.

مما يجعل اتصالات

شركات الأدوية الكبيرة "مصانع الأدوية الكبرى" كما سعت للاستفادة من الجينوميات الجهود مع استثمارات المعلوماتية الحيوية في المنزل. أنشأ العديد من الإدارات ودمج كامل لخدمات الكمبيوتر والبرمجيات وتسهيل الوصول إلى قاعدة بيانات عبر إدارات متعددة ، بما في ذلك تطوير منتجات جديدة ، وصياغة ، وعلم السموم والاختبارات السريرية. في النموذج القديم للتنمية المخدرات في كثير من الأحيان مجزأة هذه الوظائف ، ghettoizing البيانات التي قد تكون مفيدة للباحثين آخرين. معلوماتية حيوية تتيح للباحثين عبر شركة لنرى الشيء نفسه في حين لا يزال التلاعب في بيانات فردية.

بالإضافة إلى جعل اكتشاف الأدوية أكثر فعالية ، في المعلوماتية الحيوية ، ويمكن أيضا أن ينقذ منزل المخدرات شركات الأموال في برامج الدعم. في شركة غلاكسو ويلكوم البحوث المثلث بارك، نورث كارولاينا، هو استبدال الحزم الفردية المستخدمة من قبل المحققين والإدارات المختلفة للوصول إلى قواعد البيانات ومعالجتها مع منصة واحدة البرمجيات. روبن م. DeMent ، الولايات المتحدةمدير المعلوماتية الحيوية في شركة غلاكسو ويلكوم ، وتقديرات بأن هذا سيوفر حوالي 800،000 دولار أمريكي في دعم التوظيف على مدى ثلاث إلى خمس سنوات.

لدمج المعلوماتية الحيوية في جميع أنحاء شركاتهم ، شركات الأدوية العملاقة أيضا إقامة التحالفات الاستراتيجية ، وإبرام اتفاقات الترخيص والحصول على أصغر شركات التكنولوجيا الحيوية. باستخدام الشركاء وبائعي لا تسمح فقط للمصانع الأدوية الكبرى لملء الثغرات في قدراتها المعلوماتية الحيوية ، ولكن أيضا يعطيها التنقل للتكيف مع التكنولوجيات الجديدة لأنها تأتي إلى السوق باستمرار بدلا من اصلاح نظامها الخاص. واضاف "اذا شركة أدوية ديها ما يكفي من البحوث في الميزانية ، فإنها يمكن أن تفعل كل شيء بأنفسهم ،" سوموغيي يقول. "لكنه أيضا مسألة ثقافة. فوائد الميدانية ككل من خلال تقديم أعمال مختلفة مع أدوار مختلفة مع الغرفة لتداخل ".

احتلال بعض overlapin أن الموارد والمنتجات والشركات capitalizationare السوق مثل علوم الجينوم البشرية ، وشركة سيليرا Incyte. وتقع تلك التضاريس بين مصانع الأدوية الكبرى وتكامل البيانات والتعدين التي تقدمها الشركات المتخصصة. لديهم أيضا استولت سريعا على درجة الأتمتة المعلوماتية الحيوية التي جلبت لعلم الأحياء.

ولكن مع كل هذا التنوع يأتي من احتمالات سوء الفهم. الحصول على قواعد البيانات المختلفة لاجراء محادثات مع احد anotherwhat يسمى interoperabilityis أصبحت أكثر وأكثر أساسية مثل المستخدمين يتنقلون فيما بينها لتلبية احتياجاتهم. والحل الواضح هو أن تكون البيانات annotationtagging مع الأسماء التي يتم إسناد ترافقي عبر قواعد البيانات ونظم التسمية ، وهذا ما عملت إلى حد ما. واضاف "لقد نجحت في جلب قواعد البيانات معا من الشرح : قاعدة بيانات لقاعدة البيانات وباء وجيم الى باء وجيم إلى دال" ، ويوضح ليبمان من روش العلوم البيولوجية. واضاف "لكن في الشرح ويمكن ان تتغير ، وبحلول الوقت الذي ننكب على مد المراجع ربما لم يتغير ، ولا سيما مع تدفق مستمر من البيانات الجديدة." ويشير إلى أن تصبح هذه المشكلة أكثر حدة في فهم بيولوجيا و القدرة على إجراء تحليل الحسابية يصبح أكثر تعقيدا. "نحن مجرد بداية لتحديد التعقيدات في هذه الاستفسارات ، وكيف نقوم بتخزين البيانات ويصبح حاسما في أنواع الأسئلة التي يمكن أن نسأل ،" يقول.

سوف تساعد التحسينات المنهجي ، ولكن progressand في نهاية المطاف profitstill يعتمد على براعة من المستخدم النهائي ، وفقا لديفيد جيه. ليبمان ، مدير NCBI. وقالت "حان brainware" ، كما يقول ، "لا الأجهزة أو البرامج."

 

تركيب البيولوجيين

تخيل أن لديك العامل المشترك في الحجيرة المقبل لديها بعض المعلومات التي تحتاج إليها لتقرير هذا يرجع في وقت قريب. إنها رسائل البريد الإلكتروني ولكم ، ولكن البيانات من برنامج جداول البيانات ، وكل ما عليك هو معالج النصوص ، لذلك ليس هناك إمكانية لديك قطع ولصقه في المستند. وبدلا من ذلك لديك لطباعته واكتبه في كل مرة أخرى. هذا هو تقريبا الوضع الذي يواجه علماء الأحياء في هذه الأيام. على الرغم من قواعد بيانات المعلومات البيولوجية aboundespecially في هذا المنصب ، تسلسل جينوم الباحثين eramany مثل البحارة متعطشون الى الموت تحيط بها المحيطات : ما يحتاجونه هو كل شيء من حولها ، ولكنها ليست في الشكل الذي يمكن استخدامه بسهولة.

لحل المشكلة ، ومجموعات مختلفة مكونة من علماء وباحثين أكاديميين من التكنولوجيا الحيوية وشركات الأدوية تتجمع معا في محاولة لوضع معايير الكمبيوتر للالمعلوماتية الحيوية بحيث يمكن بسهولة أكبر الأحياء تبادل البيانات وتحقيق أقصى استفادة من وفرة من المعلومات الناتجة عن مشروع الجينوم البشري. والهدف هو تمكين محقق ليس فقط لتعويم بسهولة بين قواعد البيانات الهائلة للتسلسل الحمض النووي ، وتلك من ثلاثة هياكل البروتين الأبعاد التي المشفرة بواسطة الحمض الريبي النووي. وهم أيضا يريدون عالما لتكون قادرة على البحث في قواعد البيانات بشكل أكثر كفاءة بحيث ، على استخدام تعبير مجازي السيارات ، واذا كان شخص ما كتبته في "كامارو" النتائج سوف تشمل السيارات الأخرى وكذلك لأن النظام من شأنه أن يكون ذكيا بما يكفي لتعرف أن كامارو هو نوع آخر من السيارات.

مكافأة فورية ومن المتوقع أن يكون أسرع من تطوير عقاقير جديدة. "البحوث الدوائية هي الصناعة الوحيدة أعرف مع تراجع الإنتاجية" ، كما يقول تيم كلارك ، نائب رئيس قسم المعلوماتية للصناعات الدوائية في الألفية كامبردج، قداس"البحث والتطوير هو جهد على نطاق حرفة بدائية ، مثل النساجين المنزلية ، وعلى الرغم من أن التوحيد هي واحدة من أولى المشاكل التي حصلت في التصدي للثورة الصناعية ، مع اختراع قطع تبديل".

المسألة هي تحديد المعايير التي ينبغي استخدامها. في حالة تشبه صناعة الكمبيوتر في 1970s ، الجميع دعاة المعايير ، ما دامت هي حضارته. المجموعات الرسمية انتشرت في جميع أنحاء العالم مع أسماء مثل الكونسورتيوم BioPathways ، وبحوث علوم الحياة المجال فرقة للكائن إدارة الفريق ، والحيوي تجميعات Consortiumand كل لديه فكرة مختلفة من الأمور ينبغي القيام به. اريك نيومان ، وهو عضو في كل من الحيوي تجميعات و BioPathways اتحادات ، هو عالم في علم الاعصاب الذي يشغل حاليا منصب نائب الرئيس لشؤون المعلوماتية علوم الحياة في شركة استشارات في الألفية 3rdكامبردج، قداس(لا علاقة للألفية الصيدلة). ويقول : لغة الترميز الموسعة (كلاسيك) يتشكل ليكون معيار الكمبيوتر للغة المعلوماتية الحيوية. إكس إم خلفا للغة توصيف النص التشعبي (أتش تي أم أل) ، والسائق الحالي لشبكة ويب العالمية.

واحدة من هذه التطبيقات والمزايا هو أنه يحتوي على السمات التي تحدد لكل نوع من المعلومات وفقا لنوع : "كامارو" ، على سبيل المثال ، من شأنه أن يوصف بانه السيارة. نيومان يقترح على إكس إم إل لغات "سوف نشدد على شبكة الإنترنت ، مثل طبيعة المعلومات البيولوجية" ، الذي يمتد من الحمض النووي للرسول الجيش الملكي النيبالي ، والبروتينات ، والبروتين والتفاعلات بين البروتينات ، والمسارات البيوكيميائية ، الخليوي وظيفة ، وفي نهاية المطاف ، والسلوك من الحي كله . الطرق الحالية لتخزين والبحث عن مثل هذه المعلومات البيولوجية تتركز على الجينات واحد ، وفقا لنيومان "، ولكن الأمراض التي نريد أن نعالج تنطوي على أكثر من جين واحد."

ويقول كلارك المشاكل الرئيسية التي تواجه التنمية المعلوماتية الحيوية التي تجعل معيار الضرورة هي الحجم الهائل من البيانات ، والحاجة إلى الاعتراف نمط المتقدمة (مثل داخل سلاسل الحمض النووي والبروتينات المجالات الهيكلية) ، والقدرة على إشارات عملية للقضاء على "الضجيج" من البيانات ، وشيء يسمى التحسين التوافقي ، أو العثور على أفضل طريق عبر متاهة من التفاعلات الجزيئية. "لا يمكنكم بناء كل ذلك بنفسك" ، وهو يدعي.

نيومان يعتقد التحسين التوافقي يمكن أن تكون عقبة أعلى. "مسارات الكثير أكثر تعقيدا من [دنا] تسلسل ،" يقول : "إذا كنا لا يأتي بشيء ، انه سيكون هناك فوضى حقيقية."

---

تنويه :موقعنا على الانترنت ليست مسؤولة عن محتوى هذه المادة. Webarticles هو حر للمعلومات.
المهم : هذه المادة "استخدام المعلوماتية الحيوية في البحث عن الأهداف المخدرات" وقد ترجم من قبل البرمجيات التلقائي. نشعر بالاسف من اجل أي الأخطاء الإملائية التي قد حدث. شكرا لتفهمكم.

---