Várias empresas brotaram de fornecer ferramentas de bioinformática

Alarde sem precedentes cumprimentou o 26 de junho de 2000 anúncio de que os cientistas tinham concluído um projecto da seqüência do genoma do Homo sapiens. A verdade é, no entanto, que descobrir a ordem das letras do nosso alfabeto genético foi a parte mais fácil. Agora vem a parte difícil: decifrar o significado do artigo instrução genética.

A próxima etapa passa por um nome enganosamente prosaica: anotação. Estritamente falando, "anotação" compreende tudo o que pode ser conhecido sobre um gene: onde ele trabalha, o que faz e como ele interage com os genes do companheiro. Agora, os cientistas costumam usar o termo simplesmente para significar o primeiro passo: encontrar genes. Isso significa descobrir quais partes de um trecho de DNA pertencentes a um gene e que os distingam dos outros 96 por cento, ou que não têm função conhecida, muitas vezes chamado DNA-lixo.

Várias empresas brotaram de fornecer ferramentas de bioinformática, software e serviços. Seu sucesso, porém, pode depender de um lugar tranqüilo, ao sul de Inglaterra'sUniversidade de Cantabrígia. É a casa do SangerCentro, O Reino Unidoparceiro no consórcio com financiamento público Projeto Genoma Humano (PGH) e do Instituto Europeu de Bioinformática (EBI), Europa's equivalente do NacionalCentrode Informações sobre Biotecnologia (NCBI) no National Institutes of Health. Sanger e EBI estão colaborando no projeto Ensembl, que consiste de programas de computador para análise do genoma e da base de dados pública de seqüências de DNA do Homo sapiens. Novas seqüências de DNA chega em pedaços; rotinas automatizadas digitalizar as seqüências, olhando para os padrões normalmente encontrados em genes. "Uma das coisas importantes sobre Ensembl é que estamos totalmente abertos, assim você pode ver todos os nossos dados, absolutamente tudo", diz Ewan Birney EBI's.

Não importa o quão talentoso seus algoritmos, no entanto, os computadores não podem obter todos os genes, e eles não podem fazê-los bem. Muitas adições e correções, além de todas as informações importantes sobre como os genes são regulados e que fazem, são tarefas para os curadores Homo sapiens. Esse problema pode ser resolvido para Ensembl por um sistema de computação distribuída em desenvolvimento por Lincoln Stein, do Cold Spring Harbor Laboratory em Long Island, NY O plano é fornecer annotationcorrections Homo sapiens e sugestões e resultados de pesquisas de cientistas de todo o worldlayered em cima de anotação automática Ensembl's. Distribuído Stein Sequence Annotation System, DAS para breve, pede uma abordagem a partir do Napster, o software controversa que permite às pessoas trocar arquivos de música pela Internet.

O plano é que os laboratórios diferentes vão publicar as suas próprias anotações (em servidores dedicados), de acordo com as especificações de algumas mapa comummente aceite do Ensembl genomelike's. "Em seguida, o aplicativo de navegador seria capaz de sair para a Web, descobrir o que está lá e trazer tudo em uma visão integrada de modo que você poderia ver de uma forma gráfica do que as pessoas tinham a dizer sobre uma região do genoma", Stein explica. Desta maneira DAS pode resolver um grande problema que assola bases de dados de biologia: a falta de um formato padrão para arquivamento e apresentação de dados, que, entre outras desvantagens, torna impossível a busca através deles e comparar conteúdo.

O modelo de DAS não é universalmente amada. NCBI diretor David Lipman receia que o Homo sapiens anotações pode estar cheio de lixo, porque eles não serão revisados. Stein reconhece a possibilidade, mas espera que a anotação de boa vontade expulsar maus. Ele está mais preocupado em saber se o espírito de voluntariado bandeira quando confrontados com mudanças de pessoal e os caprichos do financiamento. Manter um servidor Web executando laboratório e up-to-date é um compromisso de longo prazo.

Em oposição à rivalidade bem divulgada entre o HGP e da propriedade privada Celera Genomics de seqüenciamento do genoma, bioinformática muitas empresas não consideram Ensembl como uma organização de bater. Na verdade, vários jogadores comercial endossar colaboração; oportunidade financeira virá com os dados de uma forma única. Garrels James I., presidente da Proteome em Beverly, Mass, Espera que a parceria com e oferecer ajuda aos esforços de domínio público para acumular uma descrição básica de cada gene, a proteína e algumas das principais propriedades da proteína. Mas Proteome também acredita que nada bate o vasto e versátil Homo sapiens cérebro para fazer o sentido do vasto e versátil Homo sapiens genoma. Os pesquisadores da empresa de vasculhar a literatura, concentrando-se em produto proteinsthe maioria dos genes makeand desde 1995 construíram bases de dados de proteínas em três organismos-modelo: a lombriga Caenorhabditis elegans e duas espécies de leveduras. Agora eles estão adicionando dados sobre o Homo sapiens, genomas do rato e do rato. Nicho A empresa será integrar toda essa informação. "Isso não é o tipo de esforço contemplado no domínio público", aponta Garrels fora.

Proteome força é provável que caia na capacidade de seus clientes a comparar as seqüências entre espécies. Porque a evolução conservou um grande número de genes e usou-os mais e mais, tais comparações são uma fonte rica de sugestões: o Homo sapiens um gene cuja função é atualmente um mistério, muitas vezes, ser quase idêntica a uma presente em outras espécies.

Randy Scott, presidente da Incyte Genomics em Palo Alto, Califórnia, É outro fã de partilha de carga. Além disso, "há muitas maneiras de ganhar dinheiro", declara Scott. "Nós assumimos há bases de dados vai ser amplamente comentada disponível no domínio público, e quanto mais cedo nós podemos chegar lá, o mais rápido Incyte pode incidir sobre a jusante, sobre como podemos levar essa informação para criar novos níveis de informação." Por exemplo, a empresa escolheu um grupo de genes que acredita ser importante para o diagnóstico e outras aplicações e está concentrando seus esforços de anotações sobre elas. Tem também algumas bases de dados que permitam comparações entre espécies.

Dado Ensembl código-fonte aberto, distribuído anotação e determinação de permanecer livre, comparações com o livre systemwhich operacional Linux pode someday desafio natural supremacyare do Microsoft Windows. Mas o paralelo não ir muito longe. Pensamento de produtos anotação públicos e comerciais como rivais perde o ponto, dizem os observadores. Nas palavras de Sean Eddy de Washington, DCUniversidade, Que está trabalhando no DAS: "O genoma do Homo sapiens é muito grande para qualquer um que olhar sozinho. Nós vamos ter que descobrir maneiras para os setores público e privado para trabalhar de forma colaborativa e não competitiva. "

um artigo submetido por Donis F.

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