Plusieurs entreprises ont poussé à fournir des outils de la bioinformatique

Fanfare sans précédent a salué la 26 juin 2000 annonce que les scientifiques avaient achevé un projet de la séquence du génome de l'Homo sapiens. La vérité est, cependant, que Déterminer l'ordre des lettres dans notre alphabet génétique a été la partie facile. Maintenant vient la partie difficile: déchiffrer le sens de l'article instructions génétiques.

La prochaine étape passe par un nom faussement prosaïque: annotation. Strictement parlant, «annotation» comprend tout ce qui peut être connu sur un gène: là où elle fonctionne, ce qu'elle fait et comment il interagit avec des gènes semblables. À l'heure actuelle, les scientifiques utilisent souvent ce terme pour signifier simplement la première étape: découverte de gènes. Cela veut dire découvrir quelles parties d'un fragment d'ADN appartenant à un gène et de les distinguer de l'autre 96 pour cent ou que n'ont pas de fonction connue, souvent appelées ADN «poubelle».

Plusieurs entreprises ont poussé à fournir des outils bio-informatique, logiciels et services. Leur succès, cependant, mai charnière située au calme au sud de Angleterre'sUniversité de Cambridge. Il est le foyer de la SangerCentre, Le Royaume-Unipartenaire du consortium financement public Human Genome Project (HGP), et l'European Bioinformatics Institute (EBI), Europel 'équivalent de la NationalCentrefor Biotechnology Information (NCBI) aux National Institutes of Health. Sanger et EBI collaborent sur le projet Ensembl, qui se compose de programmes informatiques pour l'analyse du génome et de la base de données publique des séquences d'ADN de l'Homo sapiens. De nouvelles séquences d'ADN est livré en pièces détachées; routines automatiques de numérisation des séquences, recherche d'un schéma on trouve généralement dans les gènes. "Une des choses importantes à propos Ensembl est que nous sommes complètement ouverte, ainsi vous pouvez voir toutes nos données, absolument tout», dit EBI Ewan Birney.

Quelque talentueux leurs algorithmes, toutefois, les ordinateurs ne peuvent pas obtenir l'ensemble des gènes, et ils ne peuvent pas les avoir toutes à droite. De nombreux ajouts et corrections, ainsi que les toutes les informations importantes sur la façon dont les gènes sont régulés et ce qu'ils font, sont des tâches pour les conservateurs de l'Homo sapiens. Ce problème sera résolu pour mai Ensembl par un système informatique distribué en cours d'élaboration par Lincoln Stein du Laboratoire de Cold Spring Harbor sur Long Island, NY Le plan est de fournir annotationcorrections Homo sapiens et des suggestions et des résultats des recherches scientifiques dans le worldlayered sur le dessus de l'annotation automatique Ensembl's. Stein séquences Distributed Annotation System, DAS pour faire court, emprunte une approche de Napster, le logiciel controversé qui permet aux gens d'échanger des fichiers musicaux sur l'Internet.

Le plan est que les laboratoires différents publieront leurs propres annotations (sur des serveurs dédiés) selon les spécifications de certains carte communément acceptées de la Ensembl genomelike's. »Puis l'application du navigateur serait en mesure de sortir sur le web, savoir ce qui est là et amener le tout dans une vision intégrée pour que vous puissiez voir de manière graphique ce que les gens différents ont à dire sur une région du génome», Stein explique. De cette façon DAS mai résoudre un énorme problème qui empoisonne les bases de données de biologie: l'absence d'un format standard pour l'archivage et la présentation des données qui, entre autres inconvénients, il est impossible de chercher à travers eux et de comparer le contenu.

Le modèle de DAS n'est pas universellement aimé. Paramédical réalisateur David Lipman est préoccupé de ce que les annotations l'Homo sapiens mai être pleine de détritus, car ils ne seront pas évalués par des pairs. Stein reconnaît la possibilité, mais il espère que l'annotation bonne volonté chasser mauvais. Il est plus préoccupé de savoir si l'esprit de volontariat sera pavillon face à des changements de personnel et les aléas du financement. Tenue d'un laboratoire de serveur Web en cours d'exécution et la mise à jour est un engagement à long terme.

Contrairement à la rivalité très médiatisée entre le HGP et la société privée Celera Genomics dans le séquençage du génome, bioinformatique de nombreuses entreprises ne considèrent pas Ensembl en tant qu'organisation à battre. En fait, plusieurs acteurs commerciaux entériner la collaboration; opportunité financière viendront de l'utilisation des données d'une manière unique. James I. Garrels, président du protéome de Beverly, Mass, S'attend à des partenariats, et fournir une aide aux efforts du domaine public pour amasser une description de base de chaque gène, ses protéines et de quelques-unes des principales propriétés de la protéine. Mais Proteome estime également que rien ne bat la vaste et polyvalent Homo sapiens cerveau pour donner un sens de l'Homo vaste et polyvalent génome sapiens. Les chercheurs de l'entreprise parcourent la littérature, en se concentrant sur les produits proteinsthe la plupart des gènes makeand depuis 1995, ont construit des bases de données de protéines sur trois organismes modèles: les ascaris Caenorhabditis elegans et deux espèces de levure. Maintenant, ils sont l'ajout de données sur l'Homo sapiens, de la souris et les génomes de rat. Le créneau de l'entreprise sera l'intégration de toutes ces informations. "Ce n'est pas le type d'effort envisagé dans le domaine public", fait Garrels Out.

Proteome force est susceptible de se coucher dans la capacité de ses clients de comparer les séquences des différentes espèces. Parce que l'évolution a conservé un grand nombre de gènes et les a utilisées à plusieurs reprises, de telles comparaisons sont une source riche d'indices: un gène Homo sapiens, dont le travail est actuellement un mystère sera souvent presque identique à celle présente dans d'autres espèces.

Randy Scott, président de Incyte Genomics, à Palo Alto, Californie, Est un autre fan de partage de la charge. D'ailleurs, il ya beaucoup de façons de faire de l'argent ", déclare Scott. "Nous supposons qu'il n'y bases de données vont être largement commentée disponible dans le domaine public, et plus tôt nous pouvons y arriver, le plus rapide Incyte peuvent se concentrer sur l'aval, sur la manière dont nous prenons cette information pour créer de nouveaux niveaux d'information." Par exemple, La société a sélectionné un groupe de gènes qu'il croit sera important pour le diagnostic et d'autres applications et concentre ses efforts annotation sur eux. Il a aussi des bases de données qui permettent des comparaisons entre espèces.

Compte tenu de Ensembl, le code open-source, distribué d'annotation et de détermination à rester libre, des comparaisons avec le Linux libre systemwhich exploitation de l'ordinateur mai Someday défi naturel supremacyare Microsoft de Windows. Mais le parallèle ne va pas très loin. Pensée de produits annotation publics et commerciaux comme des rivaux n'est pas la question, disent les observateurs. Selon les termes de Sean Eddy de WashingtonUniversité, Qui travaille sur la DAS: "Le génome de l'Homo sapiens est trop grand pour tout le monde à regarder seul. Nous allons devoir trouver des façons pour les secteurs public et privé à travailler en collaboration et non compétitive. "

un article présenté par F. Donis

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