Varias empresas han surgido para ofrecer herramientas de bioinformática

Fanfarria sin precedentes saludó a los 26 de junio 2000 anuncio de que los científicos habían completado un borrador de la secuencia del genoma del Homo sapiens. La verdad es, sin embargo, que averiguar el orden de las letras de nuestro alfabeto genético fue la parte fácil. Ahora viene la parte difícil: descifrar el significado del artículo de instrucciones genéticas.

La siguiente etapa pasa por un nombre aparentemente prosaico: la anotación. Estrictamente hablando, "anotación" comprende todo lo que se puede conocer de un gen: si funciona, lo que hace y cómo interactúa con los genes semejantes. Ahora, los científicos suelen usar el término simplemente significa el primer paso: la búsqueda de genes. Esto significa descubrir qué partes de un segmento de ADN que pertenecen a un gen y las distinguen de las otras 96 por ciento, o que no tienen ninguna función conocida, a menudo llamado "ADN basura".

Varias empresas han surgido para ofrecer herramientas de bioinformática, software y servicios. Su éxito, sin embargo, puede depender de una zona tranquila al sur de Inglaterra'sUniversidad de Cambridge. Es el hogar de la SangerCentro, La Reino Unidosocios en el consorcio financiado con fondos públicos del Proyecto Genoma Humano (PGH), y el Instituto Europeo de Bioinformática (EBI), Europa's equivalente de la NacionalCentroInformación sobre Biotecnología (NCBI) de los Institutos Nacionales de Salud. Sanger y EBI están colaborando en el proyecto de Ensembl, que consiste en programas informáticos para el análisis del genoma y de la base de datos pública de secuencias de ADN del Homo sapiens. Nuevas secuencias de ADN llegar a pedazos; rutinas automatizadas de las secuencias de exploración, en busca de patrones se encuentran típicamente en los genes. "Una de las cosas importantes acerca de Ensembl es que estamos totalmente abiertos, para que pueda ver todos nuestros datos, absolutamente todo", dice Ewan EBI Birney.

No importa el talento que sus algoritmos, sin embargo, las computadoras no pueden obtener todos los genes, y no pueden conseguir que todos los derechos. Varias adiciones y correcciones, además de todas las informaciones importantes sobre cómo los genes están regulados y lo que hacen, son tareas para los conservadores Homo sapiens. Ese problema puede ser resuelto para Ensembl por un sistema de computación distribuida en fase de desarrollo por Lincoln Stein, del Cold Spring Harbor Laboratory en Long Island, NY El plan es proporcionar annotationcorrections Homo sapiens y sugerencias y conclusiones de la investigación de los científicos de todo el worldlayered en la parte superior de la anotación automática de Ensembl. Distribuido Stein Secuencia del sistema de anotación, el DAS, para abreviar, toma un enfoque de Napster, el software de polémica que permite a la gente intercambiar archivos de música a través de Internet.

El plan es que diferentes laboratorios publicarán sus propias anotaciones (en servidores dedicados) de acuerdo a las especificaciones de algún mapa comúnmente aceptado de la Ensembl genomelike's. "Entonces, la aplicación del navegador podría salir a la web, averigüe lo que está allí y poner todo en una visión integrada de manera que se podía ver de forma gráfica lo que la gente diferente que tenía que decir acerca de una región del genoma" Stein explica. De esta manera DAS puede resolver un gran problema que afecta las bases de datos de biología: la falta de un formato estándar para el archivo y la presentación de datos, que, entre otras desventajas, hace imposible la búsqueda a través de ellos y comparar su contenido.

El modelo de DAS no es universalmente amada. Ncbi director David Lipman, le preocupa que el Homo sapiens anotaciones puede estar lleno de basura, ya que no será revisada por pares. Stein reconoce la posibilidad de anotación, pero espera que la buena voluntad de unidad salió mal. Él está más preocupado acerca de si el espíritu del voluntariado del pabellón cuando se enfrentan a cambios de personal y los caprichos de la financiación. Mantenimiento de un servidor Web que se ejecuta laboratorio y hasta a la fecha es un compromiso a largo plazo.

A diferencia de la rivalidad bien publicitados entre el PGH y la propiedad privada Celera Genomics en la secuenciación del genoma, las empresas de bioinformática muchos no consideran Ensembl como una organización de batir. De hecho, varios agentes comerciales apoyar la colaboración, una oportunidad de financiamiento provendrá de utilización de los datos de una manera única. James Garrels I., presidente de Proteoma en Beverly, Mass., Espera asociarse con y brindar ayuda a los esfuerzos de dominio público para acumular una descripción básica de cada gen, la proteína y algunas de las propiedades clave de la proteína. Proteoma Pero también cree que no hay nada como el Homo amplia y versátil cerebro sapiens para dar sentido a la vasta y versátil Homo sapiens genoma. Los investigadores de la empresa recorrer la literatura, centrándose en los productos proteinsthe mayoría de los genes makeand desde 1995 se han construido las bases de datos de proteínas en tres organismos modelo: la lombriz intestinal Caenorhabditis elegans y dos especies de levadura. Ahora se están agregando datos sobre el Homo sapiens, el ratón y el genoma de la rata. El nicho de la compañía será la integración de toda esa información. "Ese no es el tipo de esfuerzo previstas en el dominio público", Garrels señala.

Proteoma fuerza es probable que se encuentre en la capacidad de sus clientes a comparar las secuencias entre las especies. Porque la evolución ha conservado una gran cantidad de genes y se utiliza una y otra vez, estas comparaciones son una rica fuente de sugerencias: un gen que el Homo sapiens, cuyo trabajo es todavía un misterio suele ser casi idénticos a los presentes en otras especies.

Randy Scott, presidente de Incyte Genomics en Palo Alto, California, Es otro fan de compartir la carga. Además, "hay muchas maneras de hacer dinero", afirma Scott. "Asumimos que hay bases de datos va a ser ampliamente comentada disponible en el dominio público, y cuanto antes podamos llegar, más rápido Incyte puede centrarse en aguas abajo, sobre la forma en que tomamos esa información para crear nuevos niveles de información." Por ejemplo, de la compañía ha elegido a un grupo de genes que considera que será importante para el diagnóstico y otras aplicaciones, y está concentrando sus esfuerzos anotación sobre ellos. También cuenta con bases de datos que permiten algunas comparaciones entre especies.

Teniendo en cuenta abierta Ensembl de código fuente, distribuidos de anotación y la determinación de permanecer libres, las comparaciones con el libre funcionamiento systemwhich ordenador Linux algún día podrá impugnar naturales supremacyare Microsoft Windows. Pero el paralelo no va muy lejos. Pensamiento de los productos de anotación públicos y comerciales como rivales pierde el punto, dicen los observadores. En palabras de Sean Eddy de WashingtonUniversidad, Que está trabajando en el DAS: "El genoma del Homo sapiens es demasiado grande para que nadie mira solo. Vamos a tener que encontrar formas para los sectores público y privado para trabajar en colaboración más que competencia. "

un artículo presentado por Donis F.

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