Mehrere Unternehmen haben gekeimt bis zu Bioinformatik-Tools bieten

Beispiellose Fanfare begrüßte die 26. Juni 2000 Ankündigung, dass Wissenschaftler hatten einen Entwurf der Homo sapiens Genomsequenz fertig gestellt. Die Wahrheit ist jedoch, dass herauszufinden, die Reihenfolge der Buchstaben in unserer genetischen Alphabet war der einfache Teil. Jetzt kommt der schwierige Teil: die Entschlüsselung der Bedeutung der genetischen Anweisungen lesen.

Die nächste Etappe führt durch eine täuschend prosaischen Namen: annotation. Streng genommen besteht "Vermerk" alles, was man über ein Gen bekannt ist, kann: Wo es funktioniert, was es tut und wie sie interagieren mit anderen Genen. Gerade jetzt, Wissenschaftler häufig den Begriff einfach nur der erste Schritt: Gen finden bedeuten. Das, was Teile des Abschnitts eines DNA-Entdeckung bedeutet, gehören zu einer Gen-und unterscheiden sie von den anderen 96 Prozent oder so, dass keine bekannte Funktion haben, oft auch als Junk-DNA.

Mehrere Unternehmen haben gekeimt bis zu Bioinformatik-Tools, Software und Dienstleistungen. Ihr Erfolg, obwohl, kann an einem ruhigen Platz Scharnier südlich von England'sUniversität von Cambridge. Es ist die Heimat der SangerCenter, Der UKPartner in der öffentlich finanzierten Human Genome Project (HGP), Konsortium und der European Bioinformatics Institute (EBI), Europa's entspricht der NationalCenterfor Biotechnology Information (NCBI) der National Institutes of Health. Sanger und EBI arbeiten zusammen an der Ensembl Projekt, das von Computerprogrammen für die Genomanalyse und die öffentliche Datenbank des Homo sapiens besteht aus DNA-Sequenzen. Neue DNA-Sequenzen kommen in bits and pieces; automatisierten Routinen der Scan-Sequenzen, auf der Suche nach Mustern in der Regel in den Genen gefunden. "Eines der wichtigsten Dinge über Ensembl ist, dass wir völlig offen sind, so dass Sie alle unsere Daten, absolut alles" sehen können, sagt EBI Ewan Birney.

Egal, wie talentierte ihre Algorithmen, jedoch können die Computer nicht erhalten alle Gene, und sie können sie nicht alles in Ordnung. Viele Ergänzungen und Korrekturen, sowie die alle wichtigen Informationen darüber, wie Gene reguliert sind und was sie tun, sind die Aufgaben des Homo sapiens Kuratoren. Dieses Problem kann Ensembl durch ein verteiltes Computing System in der Entwicklung von Lincoln Stein des Cold Spring Harbor Laboratory Weise gelöst werden Long Island, NY Der Plan ist, Homo sapiens annotationcorrections und Anregungen und Forschungsergebnisse von Wissenschaftlern aus aller worldlayered bieten die auf der automatischen Annotation Ensembl's. Stein's Distributed Sequence Annotation-System, kurz DAS, leiht ein Konzept von Napster, die umstrittene Software, die Menschen von Musikdateien über das Internet austauschen können.

Der Plan ist, dass verschiedene Labore ihre eigenen Anmerkungen veröffentlichen wird (auf dedizierten Servern) nach den Angaben einiger allgemein akzeptierte Karte der genomelike Ensembl's. "Dann wird der Browser-Anwendung wäre in der Lage zu gehen auf das Web, herauszufinden, was ist da und bringt alles in eine integrierte Sicht, so dass Sie könnte in grafischer Form, was verschiedene Menschen mussten über eine Region des Genoms sagen, siehe" Stein erklärt. Auf diese Weise DAS kann ein großes Problem zu lösen, die Plagen Biologie-Datenbanken: das Fehlen einer Standard-Format für die Archivierung und Darstellung von Daten, die unter anderem Nachteile, macht es unmöglich, in ihnen zu suchen und den Inhalt zu vergleichen.

Die DAS-Modell ist nicht überall beliebt. Ncbi Regisseur David Lipman ist besorgt, dass der Homo sapiens Anmerkungen von Müll voll sein können, weil sie nicht in der peer-reviewed. Stein ausdrücklich die Möglichkeit vor, hofft aber, dass eine gute Annotation in Bedrängnis bringen schlecht. Er ist mehr darüber, ob der Geist der Freiwilligenarbeit wird Flag, wenn mit personellen Veränderungen und den Launen der Finanzierung konfrontiert betroffen. Führen eines Labors Web-Server läuft und up-to-date ist ein langfristiges Engagement.

Was die gut publik Rivalität zwischen dem HGP und Celera Genomics in Privatbesitz bei der Sequenzierung des Genoms, haben viele Unternehmen nicht für Bioinformatik Ensembl als eine Organisation zu schlagen dagegen. In der Tat unterstützen mehrere kommerzielle Akteure Zusammenarbeit, finanzielle Möglichkeit wird von der Nutzung der Daten in einer einzigartigen Weise kommen. James I. Garrels, Präsident der Proteome in Beverly, MassErwartet die Partnerschaft mit und bieten Hilfe an Public-Domain-Bemühungen sammeln, um eine grundlegende Beschreibung von jedem Gen, dessen Protein und ein paar der wichtigsten Eigenschaften des Proteins. Aber Proteome ist ferner der Auffassung, dass nichts die große und vielseitige Homo sapiens Gehirn für einen Sinn der großen und vielseitigen Homo sapiens Genom. Das Unternehmen Die Forscher Nase der Literatur und konzentriert sich auf proteinsthe Produkt meisten Gene makeand seit 1995 aufgebaut haben Protein-Datenbanken auf drei Modell-Organismen: der Fadenwurm Caenorhabditis elegans und zwei Arten von Hefe. Jetzt sind sie hinzufügen, Daten auf dem Homo sapiens, Maus und Ratte Genome. Das Unternehmen Nische wird die Integration aller dieser Informationen. "Das ist nicht die Art von Anstrengung in der Öffentlichkeit betrachtet," weist darauf hin, Garrels.

Proteome Stärke ist wahrscheinlich in die Fähigkeit ihrer Kunden, um Folgen bei allen Spezies zu vergleichen liegen. Weil die Evolution eine Vielzahl von Genen konserviert hat und verwendet sie immer wieder, solche Vergleiche sind eine reiche Quelle von Hinweisen: ein Homo sapiens Gen deren Aufgabe es ist derzeit ein Rätsel sind oft nahezu identisch mit ein, die in anderen Arten.

Randy Scott, Präsident von Incyte Genomics in Palo Alto, Kalifornien, Ist ein weiterer Fan von Teilen der Ladung. Außerdem ", gibt es viele Möglichkeiten, Geld zu verdienen", erklärt Scott. "Wir gehen davon gibt es im Großen und Ganzen geht versehen werden Datenbanken im öffentlichen Bereich, und desto eher können wir dorthin zu gelangen, desto schneller kann Incyte auf den nachgelagerten konzentrieren, wie wir diese Informationen auf eine neue Ebene von Informationen zu schaffen." Zum Beispiel, das Unternehmen hat eine Gruppe von Genen, die sie der Auffassung ist für die Diagnostik ausgewählt wird und andere Anwendungen eine wichtige Rolle und konzentriert ihre Bemühungen auf diese Anmerkung. Es hat auch einige Datenbanken, die Cross-Arten Vergleiche zu ermöglichen.

Angesichts Ensembl's Open-Source-Code, verteilt Annotation und die Entschlossenheit, frei zu bleiben, können Vergleiche mit der freien Linux-Computer-Betriebssysteme systemwhich eines Tages Herausforderung supremacyare Microsoft Windows ist natürlich. Aber die Parallele nicht sehr weit. Thinking von öffentlichen und kommerziellen Produkten Annotation als Rivalen nicht der Punkt, sagen Beobachter. In den Worten von Sean Eddy von WashingtonUniversität, Der arbeitet an der DAS: "Das Genom des Homo sapiens ist zu groß für jemanden allein zu suchen. Wir fahren zu haben, um herauszufinden, Wege für den öffentlichen und privaten Sektor zur Zusammenarbeit als wettbewerbsfähig. "

Ein Artikel eingereicht von Donis F.

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