وتقوم عدة شركات ونمت لتوفير أدوات المعلوماتية الحيوية

ضجة لم يسبق لها مثيل في استقبال 26 يونيو 2000 بالإعلان عن أن العلماء قد أنجزت مسودة الانسان العاقل تسلسل الجينوم. والحقيقة هي ، مع ذلك ، أن كشف في ترتيب الحروف الأبجدية الوراثية في منطقتنا هو الجزء السهل. الآن يأتي الجزء الصعب : فك رموز معنى المادة الوراثية التعليمات.

وغني عن المرحلة المقبلة من خلال اسم مضلل ركيك : الشرح. بالمعنى الدقيق للكلمة ، "شرح" تضم كل ما يمكن أن نعرفه عن الجينات : حيث يعمل ، وماذا تفعل وكيف يتفاعل مع زملائه الجينات. الآن ، والعلماء في كثير من الأحيان استخدام هذا المصطلح للدلالة على مجرد الخطوة الاولى : العثور على الجين. وهذا يعني اكتشاف الأجزاء التي تمتد من الحمض النووي ينتمون إلى الجينات وتمييزها عن غيرها من 96 في المئة أو حتى التي ليست لها وظيفة معروفة ، وغالبا ما يسمى الحمض النووي غير المرغوب فيه.

وتقوم عدة شركات ونمت لتوفير أدوات المعلوماتية الحيوية والبرمجيات والخدمات. نجاحها ، على الرغم من ذلك ، قد يتوقف على مكان هادئ جنوبي انكلترا'قالجامعة من كامبردج. وهو الموطن الاصلي ل سانجرمركزو المملكة المتحدةشريك في الكونسورتيوم الممولة من القطاع العام مشروع الجينوم البشري (المجين البشري) ، والمعهد الأوروبي المعلوماتية الحيوية (بنك الإمارات الدولي) ، أوروبا'ق يعادل وطنيةمركزلمعلومات التكنولوجيا الحيوية (NCBI) في المعاهد الوطنية للصحة. سانغر وبنك الإمارات الدولي ويتعاون في هذا المشروع Ensembl ، الذي يتألف من برامج الحاسوب لتحليل مجموعة العوامل الوراثية وقاعدة بيانات عامة للهومو تسلسل الحمض النووي البشري. جديد تسلسل الحمض النووي ليصل الى اجزاء وقطع ؛ إجراءات الفحص الآلي للمتواليات ، يبحث عن الأنماط التي توجد عادة في الجينات. "ان احد الامور الهامة حول Ensembl هو أننا مفتوحة تماما ، بحيث يمكنك مشاهدة جميع البيانات المتوفرة لدينا ، كل شيء على الإطلاق" ، ويقول بنك الإمارات الدولي وايوان Birney.

مهما الموهوبين والخوارزميات ، ولكن ، أجهزة الكمبيوتر التي لا يمكن الحصول على جميع الجينات ، وأنهم لا يستطيعون الحصول على كل منهم على حق. كثير من الاضافات والتصويبات ، بالإضافة إلى جميع المعلومات الهامة حول كيفية تنظيم والجينات هي ما يفعلونه ، وهما مهمتان للقيمين هومو العاقل. ربما هذه المشكلة يمكن حلها من قبل لEnsembl توزيع نظام الحوسبة الذي يجري تطويره بواسطة لينكولن شتاين من مختبر كولد سبرنغ هاربور في لونغ آيلاند، نيويورك هذه الخطة هو توفير annotationcorrections الانسان العاقل والاقتراحات ونتائج البحوث من العلماء في جميع أنحاء worldlayered على رأس Ensembl في الشرح التلقائي. شتاين الموزعة تسلسل الشرح النظام ، داس على قصيرة ، تستعير من نهج نابستر ، البرنامج المثير للجدل الذي يسمح الناس لتبادل الملفات الموسيقية عبر الإنترنت.

الخطة هي أن مختبرات مختلفة وسوف تنشر والشروح الخاصة (على الخادمة) وفقا للمواصفات من بعض الخريطة المقبولة عموما للEnsembl genomelike 's. "ثم تطبيق المتصفح ستكون قادرة على الخروج على الويب ، ومعرفة ما هناك ، وجعلها جميعا في وضع تصور متكامل بحيث تستطيع أن ترى بطريقة رسومية مختلف الناس ما كان ليقول عن منطقة من مناطق الجينوم" شتاين يفسر. وبهذه الطريقة قد داس حل مشكلة قواعد البيانات الضخمة التي تشهدها الأحياء : عدم وجود نموذج موحد لأرشفة البيانات وعرضها ، والذي ، من بين عيوب أخرى ، يجعل من المستحيل للبحث عبر لهم ومقارنة محتويات.

نموذج داس ليس عالميا الحبيب. NCBI المخرج ديفيد ليبمان عن قلقها من أن اللوطي الشروح العاقل قد يكون كاملا من القمامة لأنها لن تكون لاستعراض الأقران. شتاين يقر بإمكانية ولكنها تأمل أن الشرح الجيد سوف يقود إلى سوء. فهو أكثر قلقا بشأن ما إذا كانت روح العمل التطوعي وسوف العلم عندما تواجه مع أفراد تغييرات وتقلبات التمويل. حفظ مختبر لخادم الويب وتشغيل ما يصل إلى التاريخ هو التزام طويل الأجل.

بدلا من التنافس التي حظيت بدعاية بين المجين البشري ومملوكة للقطاع الخاص في شركة سيليرا جينوم تسلسل جينوم ، العديد من شركات المعلوماتية الحيوية لا يتعلق Ensembl كمنظمة للفوز. في الواقع ، العديد من اللاعبين التجارية نؤيد التعاون ؛ فرصة مالية ستأتي من استخدام البيانات بطريقة فريدة. جيمس الأول Garrels رئيس في بروتيوم] بيفرلي، قداسويتوقع أن نتعاون مع وتقديم المساعدة للجهود القطاعين العام والمجال لجمع وصفا الأساسية في كل الجينات ، والبروتين ، وعدد قليل من البروتين خصائص رئيسية. [بروتيوم ولكن يعتقد أيضا أن لا شيء يتفوق على اللوطي واسعة وتنوعا بيولوجيا الدماغ لصنع معنى اللوطي واسعة ومتعددة الجوانب الجينوم البشري. الشركة الباحثين نظف والأدب ، والتركيز على المنتجات proteinsthe معظم الجينات makeand منذ عام 1995 قد بنيت على ثلاث قواعد بيانات البروتين الكائنات نموذج : الدودة Caenorhabditis elegans وهما نوعان من الخميرة. الآن هم مضيفا بيانات عن الإنسان العاقل ، والفأرة الجينومات الفئران. الشركة متخصصة سيتم دمج كل تلك المعلومات. "هذا ليس نوع من جهد التفكير في المجال العام ،" Garrels نقطة الخروج.

[بروتيوم قوة من المحتمل أن تكمن في قدرة العملاء على متواليات قارن بين الأنواع. لأن تطور والحفاظ على جينات كثيرة واستخدموها مرارا وتكرارا ، مثل هذه المقارنات هي مصدر غني للتلميحات : الجينات الانسان العاقل وظيفته حاليا لغزا وغالبا ما تكون متطابقة تقريبا إلى واحدة موجودة في الأنواع الأخرى.

راندي سكوت ، رئيس Incyte في علم الجينوم بالو ألتو، كاليفورنيا.، هو مشجع آخر لتقاسم هذا العبء. علاوة على ذلك ، "هناك الكثير من الطرق لكسب المال ،" سكوت تعلن. واضاف "اننا نفترض أن هناك ستكون مشروحة قواعد البيانات المتاحة على نطاق واسع في المجال العام ، وكلما استطعنا الوصول الى هناك ، لا يمكن للIncyte أسرع التركيز على مجرى الأحداث ، على الكيفية التي تأخذ هذه المعلومات لخلق مستويات جديدة من المعلومات." فعلى سبيل المثال ، الشركة اختارت مجموعة من الجينات التي تعتقد أنها لن تكون مهمة للتشخيص وغيرها من التطبيقات ، وتركز جهودها على الشرح لهم. كما أن لديها قواعد البيانات التي تسمح لبعض الأنواع العابرة للمقارنات.

نظرا Ensembl مفتوحة المصدر رمز ، وزعت الشرح وتصميمه على البقاء الحر ، قد مقارنات للحرية التشغيل لينكس الكمبيوتر systemwhich يوما التحدي مايكروسوفت ويندوز الطبيعي supremacyare. ولكن بالتوازي لا تذهب بعيدا جدا. التفكير في المنتجات العامة والتجارية ومنافسيه الشرح يغفل النقطة ، كما يقول المراقبون. في كلمات شون ايدي من واشنطنالجامعة، الذي يعمل على داس : "إن الجينوم هومو العاقل كبير جدا لأي شخص أن ننظر إلى وحدها. ونحن في طريقنا لدينا لمعرفة السبل لفي القطاعين العام والخاص للعمل بشكل تعاوني وليس تنافسي ".

مقال مقدم من دونيس F.

تنويه :موقعنا على الانترنت ليست مسؤولة عن محتوى هذه المادة. Webarticles هو حر للمعلومات.
المهم : هذه المادة "العديد من الشركات ونمت لتوفير أدوات المعلوماتية الحيوية" وقد ترجم من قبل البرمجيات التلقائي. نشعر بالاسف من اجل أي الأخطاء الإملائية التي قد حدث. شكرا لتفهمكم.